Adanın ilk ismi, Elafonesos'dur. Bu isim Elafos'tan yani geyik'ten türemiştir. Bir dönem Neuris adıyla anıldığı bilinmektedir. Bir başka teoriye göre adaya ayak basan koloniciler yerli bir kadının testisinden su içmişlerdir ve adayı testi adası anlamına gelen Prokonnisos adıyla anmışlardır. M.Ö. 6. yüzyıl sonuna doğru ada Yeni Prokonnisos olarak anılsa da daha sonralarıysa sadece Prokonnisos olarak devam etmiştir.
Prof. Bilge Umar’a göre Prokennesos’un ismi Hellen dilinde ceylan anlamına gelen “prox” ile ada anlamındaki “nesos” un birleşmesinden meydana gelmiştir. W.M.Ramsay’da M.Ö.2000’de Luwi dilinden gelen bu ismin Hellen dilinde değiştirildiğini ileri sürmüştür.
Ada'nın Marmara adını ne zaman aldığı belli değilse de Marmor (Mermer)'den gelen bu isim Bizans devri içerisinde ve bihassa Italyan gemiciler tarafından kullanıldığı tahmin edilmektedir. Marmara adı 1224'te ada'ya sahip olan Georgios tarafından, Marmara ismi soyadı olarak kullanılmıştır. 13. yüzyılın başında Ada'ya Marmara dendiği, haçlı seferlerini yazan Geoffroi Devillehardouin'un kaynaklarında yer almaktadır. 15. yüzyılda da Ada'yı ellerine geçiren Türkler telaffuzu zor olan Proikonnisos yerine Marmara adını tercih etmişlerdir.
Yerleşmenin başlangıç tarihi neolitik döneme kadar iner. Asmalı Köyü’nün kuzeyindeki bir koyda, alüvyon dolgu içerisinde bulunan kalıntılar neolitik'te Ada'da bazı yerleşimlerin varlığı göstermektedir.
Marmara Adasında kesin olarak bilinen ilk yerleşim, tarihçi Strabon'un anlattıklarına göre M.Ö. 680 yıllarında Marmara Adası'na dışarıdan gelip yerleşen Sisam ve Miletos'lular tarafından kurulmuştur. Miletos'tan gelenler, Ada'nın kuzey doğusunda bulunan; bugünkü adı Saraylar, antik dönemdeki ismi Palatia olan bölgedeki zengin mermer yataklarını keşfedip, işleterek, dünyanın pek çok yerine Marmara mermerini ihrac etmişlerdir. Marmarada bulunan mermer, yapısı itibariyle mimari ve heykel sanatlarında kullanılmaya oldukça müsaittir. Mermer üretimi Roma, Bizans ve Osmanlı dönemlerinden günümüze kadar devam etmektedir.
Tarihi kaynaklara göre M.Ö.1200’lerdeki İon göçünden sonra yerleşim başlamıştır. Antik çağlarda Miletoslular burasını deniz üssü olarak kullanmışlardır. Konumundan dolayı tarih boyunca saldırıları uğramış ve yağmalanmıştır. Bu nedenle de adanın çeşitli yerlerinde kale kalıntıları ile karşılaşılmıştır. Roma döneminde buradaki mermer ocakları işletilmiş ve önemli bir mermer yapım yeri olmuştur. Antik çağlardan günümüze kadar yararlanılan bu mermer ocaklarının %95’inin saf oluşu kalitelerinin bir işaretidir. Kalıntıları, çoğu kez 2 m.ye ulaşan mermerlerin yanı sıra Çınarlı köyündeki Bedalan Körfezi (Pîrî Reis bu limandan Petalan Limanı diye bahseder) çevresinde de kristalleri daha küçük boyutlarda olan dolamitli mermerler çıkarılmıştır.
Ionia isyanına katılan Prokonnisos'un M.Ö. 493 yılında Fenikeliler tarafından yakılması üzerine, Marmara adası M.Ö. 478-477 yıllarında kurulan Attika-Delos deniz birliğinin bir üyesi olmuştur. Ada, M.Ö. 362-358 yılları arasında Kyzikos'lular tarafından zaptedilip ahalisi topluca Kyzikos'a (Kapıdağı) sürülmüştür. Ada'nın ünü antik çağda Mitologya'ya kadar ulaşmış ve tanrıça Rhea Cronos'a Zeus yerine yutturduğu bebek biçimindeki taşı Prokonnisos'tan getirtmiştir.
Ada'nın Kyzikos egemenliğine geçmesinden birkaç yıl sonra M.Ö. 353 senesinde ölen Karia satrabı Maussolos için karısı Artemis II tarafından Halikarnassos (Bodrum)'da mimar Pitheos'a yaptırılan ve eski dünyanın yedi harikasından biri sayılan Mousselleion namındaki anıt mezarın duvarlarına kaplanan levhaların Prokonnisos'tan gittiğini M.Ö. 1. yüzyılda yaşamış olan Romalı bir mimar Vitruvius'tan öğreniyoruz.
Kyzikos'un tarihini yazan Deiokhos ve Vitruvius'un Ada'da çalışmalar yaptığı bilinmektedir. Büyük İskender döneminde, Prokonnisos'lu Bion, ünlü Miletos'lu Kadmos'un eserlerini tasnif etmiştir. Antonin'ler döneminde imparator Hadrianus'un ada'yı ziyaret ettiği, Gündoğdu (Prastioi) köyünde konakladığı Texier'in yazılarında anlatılmaktadır.
Ada'da Prokonnisos'lu şair filozof Aristeas yaşamıştır. "Tanrılar Prokonnisos'u yaratırken sarhoştular, başka türlü bu kadar güzelliği bu adaya vermezlerdi" sözü Aristeas'a aittir. Prokonnisos'lu Aristeas destansı şiirlerini Arismaspes adlı yapıtında toplamıştır. Aristeas'ın bu konuda Homeros'u bile geçtiği söylenir. Prokonnisos'lu Aristeas, rivayete göre Kyzikos'ta gezerken tesadüfen bir butiğe uğrar ve daha sonra orada ölüsünü bulurlar. Ölüsünü bulduklarında üzerindeki elbiseler simsiyahmış. Ölümü üzerine tören yapmaya hazırlanırken tekrar canlandığı ve bunun ileriki yıllarda tekrarlandığı anlatılır. Herodot'un yazdıklarına göre, Aristeas bir karga olarak Marmara Adası üzerinde yaşamına devam edip tanrılara eşlik etmektedir. Prokonnisos'lu Aristeas İtalya'da yaşayan Grek'ler arasında beğenilen bir filozof şairdir. Hatta Aristeas, Apollon'la özdeşleştirilerek Metapontios denilen bölgede heykelleri dikilmiştir.
İlk çağdan günümüze ulaşan yapı kalıntısı olmamasına karşılık, Viranköy’ün güneyindeki tepede kale kalıntısı, Kesikçiler mevkiindeki limanda da horasan duvarlarla karşılaşılmıştır. Prokennesos küçük bir kent görünümünde olmasına karşılık, Fenike donanmasınca yakılıp yıkılmıştır. M.Ö.410’da Alkibiades komutasındaki Atina donanması Kyzikos yakınlarındaki savaş öncesi burada konaklamıştır. M.Ö.408’e Atina donanması Khalkedon‘a (Kadıköy) kuşatmaya giderken yine burada bir süre kalmıştır.
Prokonnisos, Bizans Piskoposluk makamıydı. IX. yüzyıla kadar bağımsız bir metropolitlik yer olmuştur. Ada Bizans devrinde itaatsiz papazların sürgün yeri durumuna gelmiştir. Gezgin tarihçi Dapper'e göre Ada'da sayıları fazlaca olan Ermit (dünya nimetlerinden son derece az faydalanan, kaya ve ağaç kovuklarında yaşayan kendini tamamen tanrıya adayan Hristiyan din adamlarına verilen isim) denilen din adamları yaşardı.
1204 yılında Marmara, Pierre de Braiccuel'e düşmüş ve bir Latin piskoposluğu olmuştu. 1230 yılında imparator Yoannis III Dukas Vatatzes zamanında ada, Iznik'teki Bizans'lılar tarafından geri alınmış, altı sene sonra da Baylos Yoannis Mikelis donanmasının taarruzuna uğramıştı. 1307 senesinde ada'ya saldıran Katalan'lar Ada'yı ele geçirememişlerdir. 1399 yılında ada açıklarında Osmanlı'larla Venedik'liler arasında meydana gelen bir deniz savaşı sonunda Ada'nın kimlerce ele geçirildiği belli değildir.
1422 yılında imparator Manuil Paleologos'un Ada'yı ziyareti Bizans yazarlarının burası hakkındaki son bahsini teşkil etmektedir.
Yazar Kıhalkolondilis'e göre Ada'lı bir kıza aşık olan imparator bu aşk yüzünden vaktini Ada'da geçiriyor ve başkente dönmüyordu. İmparator Manuil Komninosun 1115 yılında Yoannis Komnisos'a bağışladığı Prokonnisos adası, daha sonra 1224'de Despot ve Mora dükü diğer Manuil Komninos tarafından Georgios Marmara'ya bağışlanmıştır.
Türkler Ada'ya 1090 yılında Arslanbey adındaki Selçuklu komutanın Marmara ve civarındaki adaları ele geçirişiyle gelmişlerdir. Bundan sonra 1359'da Orhan Gazi döneminde Süleyman Şah'ın Rumeli'ye geçişiyle bazı Türklerin burada ikamet ettiği; İstanbul'un fethi olan 1453 tarihinden sonra Marmara Adası'nın yönetimi tamamen Osmanlı İmparatorluğu'na geçmiştir. Bu dönemden sonra da Osmanlı İmparatorluğu adadaki Rum ve Yahudi toplumuna adada kalma yaşama özgürlüğünü tanımıştır. Bu yapı 1924'te Yunanistan'la yapılan mübadele antlaşmasına kadar devam etmiştir. Günümüzde Marmara Adası'nda Rum ve Yahudi toplumundan hiç kimse kalmamıştır.
Marmara Adası'na Yahudiler'in gelişi II Beyazıt zamanında olmuştur. İmparatorluk, İspanya'nın sürgüne gönderdiği Yahudiler'e (Sephardic) kucak açmış Tekirdağ, Gelibolu, Çanakkale ve Marmara Adası'na yerleşmeleri için izin vermiştir. Marmara'daki Yahudiler daha çok ticaretle uğraşırlardı. Tuzlu balık imalatı, bakkallık, hazır elbise ve giyim eşyası, şarap imalatı, peynircilik, tenekeden imal edilen kap-kacak ve soba imalatı yaparlardı. Ada'yı terk ettikleri zamana kadar bu mesleklerini sürdürenlerden, peynirci Albert, tenekeci Nahman, giyim eşyası ve iylik gibi şeyleri satan Avram, şarap imalatçısı Aron Kaptan, şarapçı ve bakkal Şuva Bezirgan, tuzlu balıkçı Daniel, Manifaturacı Avram Kalvo, bakkal Mordohay, bakkal Nisim Ağa ve çocukları, Marko ve Yeşua Kordova 1950 yılına kadar Marmara'da kalmışlar, en son bakkal Yeşua ve şarapçı Aron kaptan Israil'e göç etmişlerdir. Bugün bu cemaatten geriye birkaç adet Yahudi evi ve bir Sinagog kalıntısı vardır. Yahudilerin mezarlığı padişah tarafından tahsis edilen eski soğuk hava deposunun kurulduğu alandaydı. Bu mezarlık, 1950'ye kadar kullanılmıştır. Burada en son gömülen Yahudi Nisim Ağa'dır.
Prokonnesosda yüzey araştırması ve kazı çalışmalarına uzun süre başlanamamıştır. İlk kez İstanbul Arkeoloji Müzeleri adına Dr. Nuşin Asgari’nin 1971’de burada başlattığı kazılar 1978 yılına kadar sürmüştür. İlk dönem çalışmalarında Roma dönemi lahitleri ile karşılaşılmıştır. Araştırmalar ilerleyince oldukça geniş bir alana yayılmış Roma nekropolü ile karşılaşılmıştır. Burada ortaya çıkarılan lahit, mezar stelleri ve mermer parçaları düzenlenen açık hava müzesinde koruma altına alınmıştır.
Daha sonraki kazı çalışmalarında da yine çok sayıda birbirine benzer Roma lahitleri ortaya çıkarılmıştır. Ayrıca lahitler içerisinde Roma altın sikkeleri ile karşılaşılmıştır. Pagan inancına göre ölünün ağzına konan para, ihtiyar kayıkçı Şaron’un onu Striks ırmağından geçirmesi içindir.
